在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终()结后,地球圈取得()了短暂的和平。
这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为--被()认为是地球联邦政府暗中操控()的“比斯特财团”将把最()高机密“拉普拉()斯之箱”交给新吉恩的()残党军“袖付”。
另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽()·本的少女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后(),逐渐被她所吸引。
随后,地球联邦察觉()了这起交易,并进行军()事介入,工业殖民地随即化为()一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽,而()出()现在他面前()的是比斯特()财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他。
随后,一()场围绕“拉普拉斯之箱”的战争()开始了()……